ばい菌のことや、宝石のことを、同じく GEM と言ったりしますか？
「ばい菌」の英語表現は通常「germ」です。スペルは似ていますが、まったく異なる意味の単語です。
「GEM」という言葉は、宝石や貴石の意味で使われることが一般的です。一方で、「ばい菌」を指す際には「GEM」は使いません。「GEM」は英語で「宝石」や「貴重なもの」を意味し、転じて「素晴らしい人」や「価値あるもの」という比喩表現でも使われます。
「GEM」はなにかの省略なのですか？
「GEM」は特定の単語の省略形というより、そのまま「宝石」や「貴石」を意味する単語です。
ラテン語の「gemma」（芽、つぼみ、宝石）に由来しています。だから、省略語ではなく、独立した単語として使われているんです。
ただ、分野によっては「GEM」が省略語として使われることもあります。例えば、科学やビジネスの領域で「Global Entrepreneurship Monitor」などの略語として使われることもありますが、文脈次第です。(135文字)